Ich habe gerade mal einen Testimport in Aperture durchgeführt.
Ich habe einen Ordner "Test" mit sechs Unterordnern "A" bis "F" angelegt, ein paar Bilder in jeden Ordner gelegt und diesen Ordner dann per Drag & Drop in Aperture gezogen.
Es wurde ein Ordner "Test" des mit den sechs Projekten "A" bis "F" angelegt, also im Prinzip genau die vorhandene Struktur.
Allerdings gelang mir dies nur per Drag & Drop, da es im Import-Dialog nicht möglich war, Ordner rekursiv zu importieren.