Backup mit timemachine sollte da eigentlich gegen helfen. Gehen wir mal davon aus, dass sich da bytes in der Datei
geändert haben - warum auch immer. Timemachine sollte dann von der ursprünglichen Datei noch Kopien haben, man
muss dann halt suchen welche Version noch ok ist. Generell ist SuperDuper! ja nicht schlecht, aber er speichert halt die
unterschiedlichen Versionen der Dateien nicht sondern macht immer einen Clone der Platte. Aber hast Du ja selber gemerkt...
Ich persönlich mache TimeMachine + CCC (ähnlich SD!) Backups auf 2 verschiedene Platten.