Ich wurde bei der Ausreise auf deutschen Flughäfen bereits zweimal von (natürlich) deutschen Zöllnern befragt und einmal davon auch durchsucht.
Einmal in München im Transitbereich beim Umsteigen und einmal in Frankfurt direkt nach der Sicherheitskontrolle bei der Ausreise aus der EU.
Beide Male ging es wohl um Bargeld, vielleicht auch Drogen, aber meine Armbanduhr wurde - zu meiner Konsternierung - keines Blickes gewürdigt.

Auf der Bodenseefähre von Friedrichshafen nach Romanshorn (CH) kann es durchaus vorkommen, dass man bei der Ausreise vom deutschen Zoll behelligt (Woher, wohin, warum, wieviel Geld dabei?) wird.
Mir ist es persönlich noch nicht passiert, aber beobachtet habe ich es schon öfters.