Ich handhabe es wie folgt:

Ich habe auf meinem Rechner die Festplatte in Partitionen aufgeteilt. Ist so, als wenn man zwei Festplatten im Gerät hätte, nur eben nicht physikalisch.
Die Partition C ist für das Betriebssystem und die Anwendungssoftware. Auf Partition D speichere ich meine Dateien (Dokumente, Bilder, etc.).

Weiterhin habe ich eine externe Festplatte angeschlossen. Auf diese kopiere ich den Inhalt meiner Partition D mit einer Synchronisationssoftware. Ich benutze dazu Beyond Compare von Scootersoftware, einfach genial.

Vor größeren Änderungen am Betriebssystem erstelle ich von der Partition C ein Image (Sicherungsdatei). Die mache ich mit dem Programm True Image von Acronis. Die Sicherungsdatei schreibe ich nach D und kopiere sie anschließend auf die externe Festplatte.

So bin ich auf der sicheren Seite und habe meine Daten auf der externen Platte gespiegelt.