Mit Onyx kann man diverse Dinge erledigen, die man sonst nur via Terminal recht umständlich ausführen könnte.
So laufen einige Scripte nur dann, wenn der Rechner auch zum (von Apple) geplanten Ausführungstermin an ist.
Gerade die Unix-Scripte laufen eigentlich nur Nachts und werden so ggf. nie gestartet.
Mit Onyx kann man diese beispielsweise manuell starten.
Man kann auch diverse Caches und Indizes neu aufbauen lassen, etwa wenn sich Spotlight mal verschluckt hat, oder diverse Logfiles entsorgen, die man im Finder nicht zu Gesicht bekommt.

Im Grunde braucht es das alles nicht wirklich, aber in der Regel schadet es auch nicht.

Service-Link: http://www.titanium.free.fr/onyx.html