Die D3100 ist wesentlich (!) kleiner. Ähnlich Deiner D40. Die D5000 liegt m. E. besser in der Hand.
Mittlerweile ist es langweilig geworden, das mit dem Vergleich von D40, D60, D90, D5000, D3000 (mist), D3100 .... etc.
Sind allesamt gute Geräte. Minimale Schwächen gibt es vielleicht, sagen wir den 3" Monitor mit schlechter Auflösung, aber alles nicht fotorelevant.

Nimm die D3100 - ist sehr klein und macht Bilder.