Gerade noch eingefallen, wenn es um etwas günstigere Flüge geht : http://www.skymark.co.jp/en/

Die Fliegen auch nach Naha (Okinawa) und sind zuverlässig. Wenn Du mit einer Star Alliance Gesellschaft nach Japan fliegst kannst Du auch den Japan-Air-Pass von ANA nehmen, dann kosten die Flüge so ca. 11000 Yen one way - es gibt aber ein paar Ausschlusszeiten.

Oder bei einem JAL Flug gibts das gleiche Pendant von Japan Airlines.

Der Japan-Rail-Pass ist wie meine "Vorschreiber" schon gesagt haben wirklich empfehlenswert

Bei Okinawa kommt es ganz darauf an wo Du hin möchtest. Stelle Dich auf einem Flug nach Naha auf jeden Fall auf viele US Soldaten ein, die zu ihrer Basis fliegen. Die Japaner sagen Okinawa wäre "Urlaub im Ausland ohne Pass".
Es gibt dort wirklich eine sehr eigene Kultur die sich teils recht stark von der Kultur der Hauptinseln unterscheidet.

Ich könnte Dir auch vor allem Kyushu ans Herz legen (meine Frau kommt aus Nagasaki) aber auch Hokkaido (v.a. im Sommer) ist landschaftlich sehr schön und Sapporo eine tolle Stadt (hab da mal 1 Jahr gewohnt).

Du merkst - es wird schwierig mit der Entscheidung wohin man gehen soll - deshalb fange rechtzeitig an zu planen.

Von einer Gruppenreise würde ich Dir abraten. Zum einen sind diese meist sauteuer und Dir entgeht ein gutes Stück Abenteuer