Che wirkte führend in den Revolutionsgerichten, welche zahlreiche Todesurteile verabschiedeten. 179 Erschießungsopfer dieser Tribunale können als gesichert gelten, Schätzungen gehen von bis zu 2000 Opfern aus.

Guevara richtete in dieser Zeit so genannte Lager für Besserungsarbeit („Guanacahabibes“) ein. In sie sollen nicht nur Dissidenten, sondern auch Homosexuelle geschickt worden sein.

In der sozialistischen Regierung nahm Guevara am Sowjet-Kommunismus orientierte Positionen ein, stärker noch als der vorrangig pragmatisch und realpolitisch geprägte Fidel Castro. Auf dem Höhepunkt seiner politischen Aktivität in Kuba war Guevara Leiter der Nationalbank Kubas. Kurz darauf wurde er zusätzlich Industrieminister.

Erstes Ziel der nachrevolutionären Wirtschaftspolitik war die weitestgehende Verstaatlichung der kubanischen Wirtschaft. Dies bedeutete faktisch die Enteignung in der Mehrheit US-amerikanischer Konzerne. Dies war eine der Maßnahmen, welche schlussendlich zur bis heute andauernden Blockade der USA führten.

Aufgrund der beschriebenen fehlenden Fachkenntnis Ches in Wirtschaftsfragen und der rigiden Planwirtschaft, die er umsetzte, kam die Zuckerproduktion beinahe vollkommen zum Erliegen, die Getreideproduktion halbierte sich, die Industrialisierung scheiterte und Rationierungen mussten eingeführt werden. Doch schaffte es die Regierung, den unter Batista alltäglichen Hunger zu vermeiden und Kuba in diesem Punkt von seinen Nachbarländern abzuheben.