Beim PDF Plugin kann es ein paar Minuten dauern bis es ein Dokument aufgeht - manchmal hilft es einfach geduldig zu sein.
Ansonsten mal Firefox probieren ob es da besser funkt, oder die PDFs eben mit Speichern unter... erst auf die Festplatte werfen und danna aufmachen.

Da kann man zb. auch einne Downloadmanager verwenden der beim click auf ein PDF gleich anspringt und das runterlädt.