Ich benutze Lightroom zwar nicht auf dem Mac, aber ich würde die Bilder in Lightroom einfach an eine andere Stelle verschieben, danach die verbleibenden Bilder in besagtem Ordner löschen und dann die Bilder in Lightroom wieder in besagten Ordner verschieben.

https://helpx.adobe.com/lightroom/help/photos.html

(Natürlich vorher sicherhaltshalber das Backup von Bildern und Katalog aktualisieren.)