Normalerweise kannst Du unter "iTunes->Einstellungen->Erweitert" den Haken bei "Beim Hinzufügen zur Mediathek von Dateien in den iTunes-Ordner kopieren" entfernen, so dass neue Musikdateien nicht in die Mediathek kopiert werden.
Bei .MP3 oder den Apple-Audios klappt das problemlos. ABER: Wie sich das mit .WAV's verhält?
Kann sein, dass iTunes auf eine Konvertierung in eines der o.g. Formate besteht und somit die Dateien automatisch in der Mediathek landen.

BTW: Warum hast Du alles in .WAV's? Wäre nicht ein kompakteres loss-less Format nicht zeitgemäßer?