iTunes erkennt und liest zwar die Covergrafiken im ID3 Tag, schreibt sie aber selbst nicht ins File, sondern in die eigene Datenbank.
Aus diesem Grund bastle ich das Cover erst mit mp3tag ins File und importiere es dann in die Mediathek.
Solange man nur iTunes verwendet ist das natürlich egal, aber bei anderen Programmen (zukünftigen) nicht.