Habe noch eine kurze Frage ... wie organisiere ich am besten die doppelten Dateien?

Momentan ist mir schleierhaft wie ich das am besten anstelle. In iTunes habe ich ja die Apple Losless rerippten Lieder und in einem anderen Ordner die MP3 Files. Wenn ich nun den iPod an den Rechner anschliesse, würden ja die Losless Dateien auf den iPod gespielt werden ...