Tokyo ist nett - Kyoto ist der Hammer. Plan da mal mindestens vier Tage ein.
Zugfahren ist sehr günstig mit dem JR-Pass, den es nur für Touris gibt und den man sich in D besorgen muss - in J bekommt man ihn nämlich nicht.
Hiroshima hat mir sehr gut gefallen, die Insel Mijajima vor Hiroshima ist auch toll.
Nara sollte man gesehen haben, 1 Nacht reicht aber.
In Himeiji sollte man, so es denn auf der Route liegt - einen mehrstündigen Stop einlegen.
Ansonsten den heiligen Berg Koya-San anschauen - eine Nacht (besser zwei) im Kloster (z.B. Shojoshin-in) an einem der wohl beeindruckendsten Friedhöfe der Welt.

Traditionelle Unterkünfte findest du unter www.japaneseguesthouses.com - das Motonago Ryokan in Kyoto ist spitze, Kankaso in Nara und Nagase in Takayama sind auch sehr zu empfehlen.