Reden wir über Parallels / VirtualBox oder etwas ganz anderes?

Generell: Die VM hat ein virtuelles Harddisk-Image, wenn das 100Gb groß ist dann sichert TM auch die 100Gb.
Und zwar jedesmal wenn Du die VM benutzt hast und somit das Harddisk-Image verändert wurde.
Wie auch sonst? Die TM weiss nichts von VM/Harddisk Images etc. Für die ist es einfach eine geänderte (große)
Datei. Eine Abhilfe wären sog. Sparse-Bundles die OS X kann, da dort mehrere Dateien für ein Image benutzt werden.
Mir ist aber nicht bekannt, daß eine VM Software das verwendet.

Du kannst die VM Verzeichnisse aber auch vom TM Backup ausschließen. In den TM Einstellungen unter Optionen.