Bezüglich IMAP musst Du Mail sagen, welchen Ordner es verwenden soll.
Wähle das gewünschte Postfach unten im IMAP-Bereich und klick oben im Menü unter Postfach auf "Dieses Postfach verwenden für..."
Das musst Du natürlich für jeden Account machen. Mail zeigt dann die Ordner auch oben an und nicht mehr unten in der Liste, es wird aber dann eben auf dem Server gespeichert.

Liebe Grüße

Stefan