Ich kann nur jedem raten einen Bausachverständigen hinzuzuziehen - gibt's für kleines Geld u. a. vom TÜV und anderen Institutionen. Diesen kann man auch während der Bauphase noch einschalten.
Weiterhin würde ich, auch wenn nur noch ein geringer Betrag offen ist, keine Zahlungen mehr tätigen, bis die durch einen Sachverständigen festgestellten Mängel abgestellt sind. Hier gilt es Fristen zu setzen und ggf. andere Handwerksunternehmen mit den Arbeiten zu beauftragen. Bei allen Belangen steht euch ein Sachverständiger mit Rat und Tat zur Seite.

Letztendlich gilt: Spart nicht am falschen Ende. Lieber ein wenig später in ein vernünftiges Haus einziehen als übereilt in ein mängelbehaftetes. Darüber ärgert man sich sein Leben lang.