Richte doch generell Deine Konten als IMAP-Konten ein.

Du hast den großen Vorteil, dass die Verwaltung der E-Mails auf dem Server stattfindet und auf allen E-Mail Clients der aktuelle Stand abgerufen werden kann, egal ob Zuhause, am Arbeitsplatz oder unterwegs per Notebook oder Smartphone.

Eine Mischung aus POP3 und IMAP macht eigentlich keinen Sinn. Was Du mit POP3 abgeholt und auf dem Server gelöscht hast, ist unter IMAP weg.