Eigentlich bedeutet es 'handgemacht'. Bei Uhrenfirmen wird es oft gebraucht als Ausdruck für 'im eigenen Hause' hergestellt, im weiteren Sinne 'in der eigenen Firma' oder 'im eigenen Konzern' (einschl. Schwesterfirmen), um zu umschreiben, dass es keine "fremden" Zulieferer gibt.

Ich denke, dass der Begriff 'Manufaktur' wahrscheinlich das umstittenste Wort in der Uhrenbranche ist - und das meist-missinterpretierte.

Kleines Beispiel: Rolex wird von vielen als Manufaktur bezeichnet, obwohl die Uhren zumeist aus automatisierten Robotern fallen. Bei IWC ist sehr viel wirkliche Handarbeit im Spiel, dort spricht man aber ungern von Manufaktur, eher von zugekaufter Massenware. So ist das eben.