Bei den modernen Dieselmotoren mit Direkteinspritzung (TDI etc.) war die Verwendung von Biodiesel zumindest früher ausdrücklich vom Hersteller untersagt. Teilweise können da verwendete Nichteisenmetalle und Kunststoffe angegriffen werden. Bei Motoren mit Freigabe für Biodiesel sollte dann jede dritte Tankfüllungen zur Reinigung aus normalen Dieselkraftstoff bestehen.