Falls du Time Machine nutzt, kannst du ggf. einige Nachrichten retten.
Obwohl es ein IMAP-Account ist, puffert Apple Mail die Nachrichten lokal, um sie nicht ständig neu laden zu müssen. Diese lokalen Kopien werden von Time Machine gesichert.

Gehe im Finder dazu nach <Userfolder>/Library/Mail/V10 (kann auch eine andere Zahl sein, je nach Version von Apple Mail)
und darin dann in das richtige Postfach, falls du mehrere hast. Leider sind die Ordner kryptisch bezeichnet.
z.B.:


Starte dann Time Machine und suche einen Zeitpunkt heraus, zu dem die Nachrichten noch da waren und stelle sie wieder her.



Wenn du dir unsicher bist, ob du das wirklich ersetzen willst oder inzwischen bereits wieder neue E-Mails im Postfach liegen, kannst du die Option "Beide behalten" wählen. Dann werden die Nachrichten in neuen Ordner wiederhergestellt, die du anschließend mit Apple Mail importieren kannst (Ablage -> Postfächer importieren).

Das ganze Gefummel ist alles so gar nicht Apple-Like, zumal das in älteren Versionen von OS X direkt in Apple Mail via Time Machine wiederherstellbar war. Auch wieder so ein Punkt, wo Apple bereits Funktionierendes anscheinend mutwillig zerstört/rausschmeisst.