Ich nutze auch manchmal Excel auf dem iPad. Das Speichern funktioniert bei mir so wie Du es Dir vorstellst. Tabelle schliessen und dann ist die Datei gespeichert. Eine Kopie wird dabei, zumindest bei mir, nicht gespeichert.

Eine Lösung betreffen Verknüpfung habe ich nicht, da meine Tabellen keine Verknüpfungen zu anderen Tabellen haben.