Hast du denn kein anderes Device mit dem du mal nachsehen könntest, ob die Mails noch da sind? Smartphone, Tablet, Webmailer?

Du solltest noch mal über die IMAP-Einstellungen rüber sehen. Besonders das IMAP-Pfad-Präfix ist wichtig. Meist steht da "INBOX", kann aber bei dir selbstverständlich auch anders heissen. U.U. musst du alle Parameter noch einmal bei deinem Provider nachfragen.