Um 00.20 Uhr fährt noch ein Airport-Limousine-Bus von Haneda nach Shinjuku Station. (https://www.limousinebus.co.jp/en/). Von dort aus kommst Du mit nem Taxi für kleines Geld zu Deinem Hotel.
Kostenpunkt: 2.000 Yen für den Bus und nicht mehr als 1.500 Yen fürs Taxi. Die Taxikosten sind auch großzügig gerechnet, man könnte es auch laufen, muss aber nicht. Je nach Gepäck und Stimmung.
Wenn Du direkt von Haneda aus mit dem Taxi zum Hotel fährst, wird es Dich zwischen 8.000 und 12.000 Yen kosten. Nachts wahrscheinlich eher in Richtung 12.000.