Ich würde trotzdem dabei bleiben Shinjuku zu empfehlen, die Yamanote fährt durch, es halten fast alle JR Linien die Keio U-Bahn geht durch der Narita Express hält dort (auch wenn ich den Skyliner lieber mag) und man kommt sehr schnell auf die andere Seite der Innenstadt wenn man die Chuo Line nutzt.

An Hotels dürfte ich die großen Namen mittlerweile fast alle in Tokyo durchhaben privat tendiere ich klar zum Park Hyatt in Shinjuku eben wegen der guten Anbindung. Das schönste Hotel was ich in Tokyo von innen kenne ist das Conrad das liegt aber imho nicht so ideal dafür ist es gegenüber von meiner Firma was für dich allerdings nicht so interessant sein dürfte.

Generell würde ich nicht zu nah an den Tokioter Bahnhof gehen der ganze südöstliche Teil des Innenstadt Bereichs ist doch eher von Bürogebäuden geprägt und man muss sich von dort quasi immer erst zu einem der Kreuzbahnhöfe bewegen wenn man irgendwo hinmöchte. Klar die Ginza ist in der Nähe aber für mich persönlich sind die typischen Stadtzentren (Shinjuku, Ikebukuro, Shibuya, Akihabara, Nakano, Kichijoji etc.) in Summe doch von Shinjuku aus am besten erreichbar.