JavaScript ist mittlerweile recht problemfrei und sowieso unentbehrlich geworden. Tatsächlich gibt es seit Jahren immer wieder Sicherheitsprobleme mit der Java-Virtual Machine (betrifft NUR Java, nicht JavaScript!).
Serverseitig ist Java nach wie vor unersetzbar. Für den Client - sprich Webbrowser - kann man imho durchaus darüber nachdenken zu deaktivieren. Wenn man keine Old-School Applets braucht und/oder javabasierte Desktop-Anwendungen benötigt, gibt es keinen Grund eine JVM zu installieren.
Was das Deaktivieren angeht bin ich ganz Claptons Meinung. Die größten Gefährdungen auf dem Mac kommen derzeit durch Adobes Flash! Ich selbst habe Flash installiert aber arbeite mit Werkzeugen, die jedes Mal ein explizites OK von mir erwarten, um Flash-Inhalte abspielen zu können.